光学显微镜根据用途设计结构，可以按照结构进行分类。

从标本（欲观察的物体）上方进行观察的，是众所周知的、最普通的直立式显微镜（左侧照片），用途非常广泛。从标本下方观察的是倒置式显微镜（右侧照片），用于观察矿物切片、金属材料等的截面。