显微镜仪器一般会工作在条件相对恶劣的环境下。显微镜的防尘主要在连接目镜、物镜以及摄像机接口处进行防尘，主要的方法是非工作时间加盖防尘罩，这样可以避免漂浮灰尘的污染。但如果有烟雾等漂浮物污染，则要在非工作时间将设备放置到无尘、干燥的房间保管。如果显微镜须工作在潮湿的环境下，则要保证不要将水，特别是腐蚀性液体溅到显微镜上。另外，在非工作时间要将显微镜搬移到干燥、通风的环境保管。关于镜下工作污染问题，可以在物镜下方安装一个防尘物镜框，每天进行清洗。如果显微镜用于目视焊接，那物镜处会集聚很多油污，这里应该每天用酒精清洗，或者选择工作距离较长的物镜来长距离工作，以减少污染。