光学显微镜包括光学系统和机械装置两大部分，而数码显微镜还包括摄像系统，现分述如下：
一、机械装置
1、机架显微镜的主体部分，包括底座和弯臂。
2、目镜筒位于机架上方，靠圆形燕尾槽与机架固定，目镜插在其上。根据有否摄像功能，可分为双目镜筒和三目镜筒；根据瞳距的调节方式不同，可分为铰链式和平移式。
3、物镜转换器它是一个旋转圆盘，上有3～6(或7)个孔，分别装有低倍或高倍物镜镜头。转动物镜转换器就可让不同倍率的物镜进入工作光路。
4、载物台是放置玻片的平台，其具有通光孔。台上有一个弹性的标本夹，用来夹住载玻片。右下方有移动手柄，使载物台面可在XY双方向进行移动。
5、调焦机构利用调焦手轮可以驱动调焦机构，使载物台作粗调和微调的升降运动，从而使被观察物体对焦清晰成像。
6、聚光器调节机构聚光器安装在其上，调节螺旋可以使聚光器升降，用以调节光线的强弱。
二、光学系统
1、目镜它是插在目镜筒顶部的镜头，由一组透镜组成，可以使物镜成倍地分辨、放大物像，例如10X、15X等。按照所能看到的视场大小，目镜可分为视场较小的普通目镜，和视场较大的大视场目镜(或称广角目镜)两类。较显微镜的目镜上还装有视度调节机构，操作者可以方便快捷地对左右眼分别进行视度调整；
2、物镜它安装在转换器的孔上，也是由一组透镜组成的，能够把物体清晰地放大。物镜上刻有放大倍数，主要有10X、20 X 、50X（国内40x）、100X等。高倍物镜中也可采用浸液物镜，即在物镜的下表面和标本片的上表面之间填充折射率为1.5左右的液体（如杉木油），它能显著的提高显微观察的分辨率。
3、光源有卤素灯、钨丝灯、汞灯、荧光灯、金属卤化物灯等。
4、聚光器包括聚光镜、孔径光阑。聚光镜由透镜组成，它可以集中透射过来的光线，使更多的光能集中到被观察的部位。孔径光阑可控制聚光器的通光范围，用以调节光的强度。
三、摄像系统
1、摄像头
2、图像采集卡
3、软件
4、电脑