普通光学显微镜（简称光镜）是常使用的显微镜，主要由三部分组成：聚光镜、物镜和目镜。光镜采用可见光作光源，分辨率为0.2µm，放大倍率为1000倍，其他几种显微镜都是在此基础上发展起来的。
用于普通光学显微镜观察的生物样品须应过一系列的组织处理并制成1～10µm的切片。常规的样品制备方法是：甲醛固定，酒精脱水，石蜡包埋，切片，苏木精（hematoxylin）和伊红（eosin）染色，光镜观察。
普通光学显微镜能观察染色的生物标本的结构，主要是因为光线通过染色标本时其颜色（光
波的波长）和亮度（光波的振幅）发生变化，人的眼睛才能观察到。